Вторичная стадия начинается обычно через 6–10 недель после заражения. Период вторичного сифилиса длится 2-4 года, характеризуясь ремиссиями и рецидивами. Клинически она может проявляться гриппоподобными состояниями (flu-like-синдром) с небольшим повышением температуры тела, головными болями, разбитостью, анорексией, похуданием, миалгиями, болями в горле, артральгиями и генерализованным лимфоаденитом. Симптомы: бледно-красные или розоватые высыпания (часто на ладонях и на подошвах), боль в горле, головная боль, боли в суставах, плохой аппетит, потеря веса и выпадение волос. Вокруг половых органов и в анальной области могут появиться широкие кондиломы (condyloma lata), которые очень контагиозны. Вследствие такого разнообразия симптомов сифилис иногда называют "великим имитатором". Симптомы вторичного периода сифилиса обычно сохраняются в течение 3-6 мес., однако они могут периодически исчезать и появляться вновь. После исчезновения всех симптомов болезнь переходит в латентную стадию, когда больной уже не заразен, но происходит внедрение возбудителя в различные ткани: головной и спинной мозг, кровеносные сосуды, костную ткань. У 50-70% больных с нелеченным сифилисом этот период продолжается до конца их жизни, но у остальных болезнь переходит в третичный, или поздний, период сифилиса.

К этому времени шанкр исчезает, даже без лечения, а трепонема проникает в кровь и разносится по организму. По всему телу или только на руках или ногах появляется сыпь. Иногда во рту или вокруг вульвы (наружных женских половых органов) возникают мелкие язвочки. Подобно первичному шанкру, вторичные язвы и сыпь очень заразны. Как и проявления первичной стадии, эти симптомы, в конце концов, исчезают. Кожные изменения выражаются эритематозной пятнистой сыпью, возникающей сначала на туловище и на верхних конечностях. Высыпания прогрессируют, приобретают генерализованный характер, не сопровождаются зудом, приобретают медную окраску, особенно заметны на ладонях и на стопах. Первоначально высыпания могут приобретать пятнисто-папулезный характер (пятнистый и папулезный сифилиды), поражать волосяные фолликулы и вызывать локальное выпадение волос. Может происходить также формирование пустул (пустулезный сифилид). Изменения могут возникать на слизистых оболочках (слизистые бляшки), образуя овальные, слегка приподнятые эрозии, покрытые серым налетом и окруженные зоной покраснения. Кожные изменения при вторичном сифилисе всегда представляют большую инфекционную опасность. Папулезные сифилиды также являются основными проявлениями вторичного сифилиса. Это бесполосные образования, резко отграниченные от окружающей здоровой кожи, выступающие над ее уровнем и содержащие большое количество бледных трепонем. В большинстве случаев они располагаются на туловище. В целом сифилитические папулы не сопровождаются субъективными ощущениями, но надавливание на них пуговчатым зондом вызывает острую боль - симптом Ядассона. Внешний вид сифилитических папул зависит от их локализации, давности инфекции и особенностей кожи больного. Различают несколько форм папулезных сифилидов. Лентикулярный (чечевицеобразный) сифилид чаще наблюдается при вторичном свежем сифилисе, представлен четко отграниченными плоскими округлыми папулами величиной с чечевицу, синюшно-красного цвета, плотноэластической консистенции, с гладкой блестящей поверхностью. Постепенно папулы приобретают желтовато-бурый оттенок, уплощаются, на поверхности их возникает скудное воротничковое шелушение. Милиарный сифилид отличается малыми размерами (с маковое зерно) и полуконической формой папул; нуммулярный (монетовидный) - характеризуется значительной величиной папул (с крупную монету и больше), склонностью к группировке; кольцевидный, элементы которого чаще располагаются на лице и шее; себорейный, при котором папулы локализуются на лице, по краю лба ("корона Венеры") и отличаются жирными чешуйками на поверхности; эрозивный (мокнущий), при котором папулы отличаются белесоватой мацерированной, эрозированной или мокнущей поверхностью, что обусловлено локализацией на слизистой оболочке и в углах рта и складках кожи, относится к наиболее заразным проявлениям сифилиса. Широкие кондиломы (вегетирующие папулы) располагаются в местах трения, физиологического раздражения (половые органы, область заднего прохода, реже - подмышечные, паховые складки и пупок). Отличаются большими размерами, вегетацией (разрастание ввысь) и эрозированной поверхностью. Роговые папулы (сифилитические мозоли) отличаются мощным развитием рогового слоя на поверхности, очень похожи на мозоли, псориазиформные папулы характеризуются выраженным шелушением на поверхности. Папулезные высыпания, нередко появляющиеся и на слизистых оболочках, особенно рта, клинически соответствуют эрозивным (мокнущим) папулам. В полости рта эрозивный папулезный сифилид чаще всего занимает область мягкого неба и миндалин (сифилитическая папулезная ангина). Папулезные высыпания на слизистой оболочке гортани приводят к осиплости голоса.