Сифилис проходит ряд стадий, которые практически одинаково проявляются у мужчин и женщин. На первичной стадии образуется небольшое поражение, т.н. твердый шанкр; оно может напоминать прыщ или принимать форму открытой язвы. Обычно оно появляется через 3 недели после заражения, но иногда возникает через 10 дней или через 3 месяца. Шанкр, как правило, безболезнен, и на него можно не обратить внимания. Чаще всего шанкры, которые в 70% случаев бывают безболезненными, располагаются на половых органах и в анальной области, однако они могут образоваться на губах, в ротовой полости, на пальце, на груди или на любом участке тела, где возбудитель проник в кожу иногда он бывает множественным, но может оставаться незамеченным. Одновременно увеличиваются регионарные лимфатические узлы. Они бывают плотными, подвижными, безболезненными, не нагнаиваются. Вначале шанкр имеет вид пятна неяркого красного цвета, которое затем превращается в папулу (узелок). Папула изъязвляется, образуя округлую или овальную язву, окруженную обычно красной каймой. Язва, безболезненная, с чистым дном, уплотненными и приподнятыми краями - шанкр. Размеры шанкра варьируют, составляя в среднем 10-15 мм. Отделяемое шанкра очень заразно. Спустя 4-6 недель без специфической терапии шанкр обычно заживает, создавая ложное впечатление, что "все обошлось" оставляя после себя тонкий атрофичный рубчик.

Осложнениями твердого шанкра являются баланит и баланопостит, обусловленные присоединением бактериальной или трихомонадной инфекции с развитием островоспалительных явлений в окружности сифиломы, которые в свою очередь могут завершаться развитием фимоза и парафимоза с увеличением и болезненностью регионарных лимфатических узлов. Реже наблюдаются гангренизация - язвенно-некротический процесс в области твердого шанкра и фагеденизм - прогрессирующий язвенно-некротического процесс, развивающийся в тканях, окружающих первичную сифилому, и сопровождающийся кровотечениями. Как и гангренизация, наблюдается у ослабленных лиц - хронических алкоголиков, ВИЧ-инфицированных и т.п. Регионарный лимфаденит (регионарный склераденит) - второй обязательный клинический симптом первичного сифилиса. Выражается в своеобразном увеличении и уплотнении ближайших к шанкру лимфатических узлов. В редких случаях он может быть слабо выраженным или отсутствовать. При локализации твердого шанкра на половых органах возникает паховый лимфаденит: лимфатические узлы увеличены, плотны, не спаяны между собой и окружающими тканями, подвижны, имеют овоидную форму, безболезненны, при пальпации пружинят. Кожа над ними не изменена. Характерно увеличение лимфатических узлов ("плеяды"), один из которых наиболее крупный. Лимфаденит может быть двусторонним и односторонним. Он никогда не нагнаивается и не вскрывается. Специфический регионарный лимфангиит - третий, менее постоянный признак первичного сифилиса. Поражается лимфатический сосуд на протяжении от твердого шанкра до близлежащих лимфатических узлов. Тяж его в виде плотноэластического безболезненного шнура, иногда с утолщениями по своему ходу, обычно прощупывается на дорсальной поверхности полового члена. Примерно с 3-4-й недели существования твердого шанкра возникает специфический полиаденит - важный сопутствующий симптом массовой гематогенной дессиминации бледных трепонем. В конце первичного периода примерно у 5% больных появляются общие симптомы (головные боли, ночные боли в костях и суставах, бессонница, раздражительность, общая слабость, повышение температуры тела, иногда до 39-40°С), а также изменения в крови с нерезкой гипохромной анемией, лейкоцитозом, повышением СОЭ (до 30-60 мм/ч). В остальных случаях сифилитическая септицемия протекает без лихорадки и общих симптомов, и переход первичной стадии сифилиса во вторичную происходит незаметно для самого больного.

От типичного течения сифилиса могут быть отклонения. В частности, при попадании возбудителя в кровь (например, при глубоком порезе, переливании крови) заболевание начинается с вторичных высыпаний. Это так называемый обезглавленный сифилис, сифилис без твердого шанкра, трансфузионный сифилис. У некоторых больных с поздними формами (при давности заболевания более 2 лет) поражаются исключительно внутренние органы или нервная система (нейросифилис).