А через тринадцать лет вспыхнула новая эпидемия чумы. «В июле 1566 года началось моровое поветрие в Новгородской Шелонской пятине, а через месяц и в Новгороде, Полоцке, Озерище, Невке, Великих Луках, Торопце, Смоленске. Люди умирали скоропостижно, знамением, как сказано в летописи: вероятно, пятном или нарывом. Многие деревни опустели, многие дома затворились в городах; церкви стояли без пения, лишенные иереев, которые не берегли себя в усердном исполнении своих обязанностей».

В Екатерининском парке города Пушкина (бывшее Царское Село) из розового мрамора воздвигнуты Орловские ворота, на которых высечена история победы над «моровой язвой», разразившейся в царствование Екатерины II. Официальный отчет о ликвидации этой эпидемии, представленный более чем на 600 страницах, озаглавлен весьма пространно: «Описание моровой язвы, бывшей в столичном городе Москве с 1770 по 1772 год, с приложением всех для прекращения оной тогда установленных учреждений» (СПб., 1787 г.). Однако народным волнениям, вспыхнувшим во время чумы, в нем не отведено и двадцати строк. Зато подвиги графа Григория Орлова, получившего от царицы неограниченные полномочия в этот смутный период, расписаны достаточно подробно.

Мемуарные записи свидетельствуют, что москвичи не столько боялись чумы, сколько карантинов и больниц, и поэтому скрывали больных. Они не хотели отрешиться от христианского обычая обмывать покойников, давать им «последнее целование», провожать до могилы, хотя все это лишь способствовало дальнейшему распространению эпидемии. К мнению врачей и наиболее просвещенных представителей духовенства, пытавшихся ввести ограничения в исполнение этих обрядов, прислушивались весьма неохотно. Жертвой толпы стал, например, архиепископ московский Амвросий (Зертис-Каменский). Он отменил старинный обычай собираться утром безместным священникам у Спасских ворот, где их нанимали служить обедню, петь молебны, отправлять панихиду; приказал священникам исповедовать и причащать больных, не прикасаясь к ним, а через двери и окна; не отпевать умерших, не завозить их в церковь, а отправлять прямо на кладбище; запретил крестные ходы и ежедневные молебны о прекращении эпидемии.

Однако эти распоряжения смутили религиозный народ и восстановили его против архиепископа. Непосредственной причиной трагической гибели Амвросия и бунта народа послужило следующее. На Варварских воротах, которые вели в примыкавший к Кремлю Китай-город, издавна висел старинный образ Боголюбской божьей матери. Какой-то человек рассказал толпе, что ему явилась во сне богородица и объявила, что так как никто в течение тридцати лет не совершал молебна и не ставил свечи ее образу, то господь решил послать каменный дождь на Москву. Она еле умолила его не делать этого, и тот якобы ограничил наказание москвичей трехмесячным мором. Эта весть облетела город, и население повалило к Варварским воротам, где молебствия шли с раннего утра до поздней ночи. Здесь был поставлен сундук для сбора приношений, который быстро наполнялся деньгами. Так как икона висела высоко над воротами, для того чтобы ставить свечи, принесли лестницу, и тем самым загородили проход и проезд.

Архиепископ приказал снять икону и отобрать пожертвованные деньги. Возбужденная этими мерами толпа 15 сентября с криком: «Богородицу грабят!», бросилась избивать солдат и подьячего и устремилась к Чудову монастырю, где жил Амвросий. Предупрежденный архиепископ выехал в Донской монастырь.

Чудов монастырь был опустошен, разграблены погреба, сдававшиеся под винные склады. Библиотека, картины, утварь уничтожены или разворованы. На другой день, узнав, что Амвросий скрывается в Донском монастыре, народ повалил туда. Обнаружив спрятавшегося в алтаре архиепископа, его вывели через задние монастырские ворота; кто-то ударил его колом по голове, и в свалке он был растерзан.

Эпидемия 1770 года дала толчок расцвету и ожесточению русского религиозного разномыслия. Руководитель одного из раскольничьих «согласий» — федосеевцев, купец Илья Ковылин подал московской администрации следующее заявление: «Мы, нижеподписавшиеся, в означенном от нас против Преображенского в земляном валу месте для содержания больных больницу построили, с тем, что как для караула и смотрения за больными, так равно и вывозу в оную заболевших из домов, людей надежных довольное число определим, и тех больных и упомянутых определенных снабжать платьем, обувью и довольною пищею содержать будем сами, а если сего исполнять не будем, то подвергнем себя, чему по закону достойны, в чем и подписуемся».

Молва о прокормлении на «ковылинских заставах» быстро облетела Москву; голодные и изнуренные страхом люди исполняли правила о семи поклонах перед трапезою и после нее, без чего никто к столу не допускался. Весь этот люд участвовал также при служении Ильи Ковылина в специальных шалашах перед древними иконами. Службы сопровождались поучениями, что моровая язва и голод произошли от никоновой веры: «Вот как бог ополчился против врагов своих, преступников против православия, щепотников и как их карает. Может ли сходить на них дух святой, когда их маковицы заросли волосами, бриты бороды, обесчещен образ божий, тогда как царь Давид за бритие послов его воздвиг войну».